싸인펜의 뒤쪽에 있는 마개를 열어 보면 잉크를 머금은 흡수제가 빨대처럼 생긴 길고 동그란 튜브 속에 들어있는 것을 볼 수 있다. 이 싸인펜용 잉크는 일반적으로 색소가 함유된 화학물질을 유기용매나 극성(친수성) 용매에 녹이는 방식으로 만들어진다.

싸인펜을 이용해 종이에 글씨를 쓰는 것은 이 같은 용매가 종이에 흡수되는 것이라고 이해하면 된다. 그런데 볼펜, 연필 등 여타 필기구들과 비교해 싸인펜으로 써놓은 글씨는 시간이 흐를수록 상대적으로 색깔이 옅어지는 경향이 있다. 노트에 적은 글씨보다는 낱장 종이에 적은 글씨의 경우 더욱 그렇다.

이는 용매의 증발에서 그 원인을 찾을 수 있다. 처음 글씨를 썼을 때는 색소 함유 화학물질과 용매가 혼합돼 있는 상태지만 시간의 경과에 따라 액체인 용매가 공기 중으로 날아가 버리고 화학물질만 종이 표면에 남게 되는 것.

이 같은 상황에서 화학물질이 공기 중의 산소 분자와 반응하는 산화작용이 일어나게 되고, 이로 인해 색이 흐려지게 되는 것이다.

또한 햇빛 속 자외선에 의해 색소 분자의 파괴가 진행되는 것 또한 색상의 변질이 가속화되는 요인으로 작용한다.